Jundiaí situa-se a uma altitude média de 760 metros.
Clima: O clima do município é o tropical de altitude, apresentando verões quentes e chuvosos e invernos amenos e subsecos. A temperatura média anual gira em torno dos 21 graus centígrados, sendo o mês mais frio julho (média de dezessete graus centígrados) e o mais quente fevereiro (média de 24 graus centígrados). O índice pluviométrico anual fica em torno de 1 400 mm.
Jundiaí tem um relevo muito acidentado, devido à Serra do Japi.
A Serra do Japi, situada a sudoeste, é uma grande reserva ambiental, com uma das maiores áreas florestais do estado de São Paulo intactas.
Seu principal rio é o Rio Jundiaí.